El episodio prodrómico se inicia en el océano Pacífico tropical, cerca de Australia e Indonesia, y con él se altera la presión atmosférica en zonas muy distantes entre sí, se producen cambios en la dirección y en la velocidad de los vientos y se desplazan las zonas de lluvia en la región tropical.
En condiciones normales, también llamadas Condiciones Neutrales, los vientos Alisios (que soplan de este a oeste) apilan una gran cantidad de agua y calor en la parte occidental de este océano. En consecuencia, el nivel superficial del mar es aproximadamente medio metro más alto en Indonesia que frente a las costas del Perú y Ecuador.1 2 3 4
Además, la diferencia en la temperatura superficial del mar es de alrededor de 8 °C entre ambas zonas del Pacífico. Las temperaturas "frías" se presentan en América del Sur porque suben las aguas profundas y producen un agua rica en nutrientes y mantiene elecosistema marino. Durante el fenómeno de "la Niña" las zonas relativamente húmedas y lluviosas se localizan al sudeste asiático, mientras que en América del Sur es relativamente seco.
Durante el Niño los vientos alisios se debilitan o dejan de soplar, la máxima temperatura marina se desplaza hacia el sistema de corrientes Chileno-Peruana, que es relativamente fría, y la mínima temperatura marina se desplaza hacia el Sudeste Asiático. Esto provoca el aumento de la presión atmosférica en el sudeste asiático y la disminución en América del Sur. Todo este cambio ocurre en un intervalo de seis meses que, aproximadamente, va desde junio a noviembre; es muy fuerte con alteraciones en el clima.
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